1.地面堆碼貯藏。選能避免陽光直接照射、空氣流通性能良好的空屋作貯藏室。堆放前，先在地面(以土質或鋪墊青、紅磚的地面為佳)上鋪墊一層3～5厘米厚的稻草(或麥秸)，然后在草墊上堆放南瓜。南瓜堆放時的方向以與田間生長時的狀態(tài)相同為宜，兩堆碼間須備留通道以便檢查。
　　
　　 貯藏初期，外界氣溫較高，夜間須將貯藏室的窗戶打開通風換氣，白天則關閉遮陽，室內空氣要保持新鮮、干燥和涼爽；冬季因外界氣溫較低，要關閉門窗，注意防寒(室內氣溫須保持在O℃以上)，以防遭受凍傷。
　　 2.架式分層貯藏。在貯藏室內用木、竹或角鐵搭成分層貯藏架(每層高度比南瓜高8～10厘米)，在每層貯藏架的底部鋪上稻草，厚度以3～5厘米為宜。貯藏時，將南瓜堆放在架上即可，架式分層貯藏有利通風透氣和散熱，效果優(yōu)于地面堆藏，南瓜保鮮期可達100～150天。
　　 3．地窖低溫貯藏。選擇濕度較低溫暖干燥的地窖，在地面上鋪墊3～5厘米厚的細沙(或麥秸、稻草)，其上堆放2～3層瓜；也可將南瓜置放在分層貯．藏架上。