聚合酶鏈反應技術簡稱PCR技術，是一種利用DNA變性和復性原理在體外進行特定的DNA片斷高效擴增的技術，可檢出微量靶序列（甚至少到1個拷貝）。在模板DNA、引物和四種脫氧核糖核苷酸存在的條件下依賴于DNA聚合酶的酶促合成反應。僅需用極少量模板，在一對引物介導下，在數(shù)小時 內可擴增至100萬-200萬份拷貝。PCR反應分三步：變性、退火及延伸。以上三步為一循環(huán)，每一循環(huán)的產物作為下一個的模板，這樣經過九小時的循環(huán)，每一循環(huán)的產物作為下一個循環(huán)的模板，這樣經過數(shù)上時的循環(huán)后，可得到大量復制的特異性DNA片段。反應條件一般為94℃變性30秒，55℃退火30秒，70-72℃延伸30-60秒，共進行30次循環(huán)左右，最后再延伸72℃5分鐘，4℃冷卻終止反應。
1.逆轉錄PCR(RT-PCR)用來擴增RNA的方法。
2.競爭逆轉錄PCR(competitive reverse transcription-polymerase chain rection C-RT-PCR)低豐度RNA定量的好方法。
3.多重PCR（multiples PCR）在同一PCR體系中加入多對引物可用于基天長度很長，發(fā)生多處缺失的？？？
4.多種PCR可同時加入多套以生物素標記的引物起進手PCR反應。
5.反向PCR（iverse polymerase chain reaction）對一個已知的DNA片段兩側的未知序列進行擴增和研究。
6.不對稱PCR在擴增循環(huán)中引入不同引物濃度，以得到單鏈DNA并進行列測定，以了解目的基因的序列。
7.錨定PCR（anchored polymerase chain reaction）幫助克服序列未知或序列未全知帶來的障礙。在未知序列未端添加同聚物尾序，將互補的引物連接于一段帶限制性內切酶位點的錨上，在錨引物和基因另一側特異性引物的作用下，將未知序列擴增出來。
8.著色互補試驗或熒光PCR（color complementation assay or fluorescent PCR）原理是用不同熒光染粒，分別標記于不同寡核苷酸引物上，同時擴增多個DNA片段，反應完畢后，利用分子篩選去多余的引物。用紫外線照射擴增產物，就能顯示某一DNA區(qū)帶熒光染料顏色的組合，如果某一DNA區(qū)帶熒光染色料顏色的組合，如果某一DNA區(qū)帶缺失，則會缺乏相應的顏色。
9.雙溫PCR（two-temperature PCR）僅僅執(zhí)行兩步溫度程序。合并退火與延伸溫度。一般常用溫度是94-95℃和46-47℃�？梢蕴岣叻磻乃俣群吞禺愋�。
上述這些PCR技術的應用：（1）PCR技術擴增特定序列為基礎，采用多種方法進行檢測，如PCR-RFLP、PCR-SSCP從已克隆的雙鏈DNA中產生特異性序列作為分子探針；（2）通過選擇性擴增cDNA中產生特異性序列作為分子探針；（2）通過選擇性擴增cDNA中的特殊片段，產生針對尚未克隆的基因的探針；（3）從微量mRNA中產生cDNA文庫；（4）產生大量用于序列分析的DNA；（5）分析 基因突變；（6）做染色體步移。
10.原位PCR技術：PCR雖然能擴增包括福爾馬林固定、石蠟包埋組織的各種標本的DNA，但擴增的DNA或RNA產物不能在組織細胞中定位，因而不能直接與特定的組織細胞特征相聯(lián)系，這是該技術一個局限性。原位雜交雖具有良好的定位能力，但由于其敏感性問題，尤其是在石蠟切片中，尚不能檢測出低含量的DNA或RNA序列。而原位PCR（In situ PCR,簡稱IS PCR），它可使擴增的特定DNA片段在分離細胞和組織切片中定位，從而彌補了PCR和原位雜交的不足，具有良好的應用前景。目前，已有多種設計的原位PCR擴增儀系統(tǒng)問世，使操作簡便，軟件靈活，已成為拉增固定細胞和石蠟包埋組織中特定DNA和RNA序列的有用工具。
IS PCR的技術特點
（1）既具有PCR的特異性與高靈敏性，又具有原位雜交的定位準確性；（2）測到低于2個拷貝量的細胞內特定DNA序列，甚至可檢測出單一細胞中的僅含一個拷貝的原病毒DNA；（3）有助于細胞內特定核酸序列定位與其形態(tài)學變化的結合分析；（4）可用于正�；驉盒约毎�，感染或非感染細胞的鑒定與區(qū)別。
IS PCR的基本方法
IS-PCR是PCR和原位雜交兩種技術的綾事，實質是一種將靶DNA或RNA在原位擴增后再進行原位雜交的技術，操作程序基本兼有兩種技術的所有過程，首先在適當處理的細胞和組織切片上滴加PCR反應液，然后把載玻片放入熱循環(huán)儀中進行擴增，最后通過標記的探針進行原位雜交檢測擴增產物。
初步應用
有關原位PCR技術應用成功的第一篇報道是對感染綿羊中樞神經系統(tǒng)visna病毒在綿羊脈絡從一細胞中檢查，通過PCR擴增，僅用150堿基對的短探針就可通過ISH檢查到了細胞內的visna病毒。從開始在試管內細胞行PCR擴增后再涂片做ISH(原位雜交)檢查，已發(fā)展到用福爾馬林固定、石蠟切片的常規(guī)病理組織方法做原位PCR檢查。有傳統(tǒng)的標記探針的原位PCR法（間接法），也有將標記物先標記PCR的引物，讓標記物擴增后再行ISH檢查的直接法。因此，目前就原位PCR方法而言，尚未能獲得統(tǒng)一，也即未能比較出哪一種方法最可靠簡便，各家報道的原位PCR技術中，在標本處理和種類上尚不同（細胞懸液、涂片、組織切片等），想檢測的靶核酸也不同（病毒或體細胞的DNA或mRNA），擴增的方法上有不同（單引物、多引物），最后顯示的方法也不同（直接法、間接法）。這些還都有待在今后的工作中積累經驗，以求一致。
原位PCR應用的課題，目前正片于開始階段，還很局限，對人體B細胞淋巴瘤中Ig單拷貝基因重組的檢查以及對人體外周血中單核細胞HLA-DQ不同亞型的測定，歸納起來，主要應用于兩方面；（1）檢測外源懷基因片段，集中在病毒感染的檢查上，如HIV、HPV、HBV、CMV等；（2）內源性基因片段，如人體的單基因病、重組基因、易位的染色體、Ig的mRNA片段、癌基因片段等。
