遺傳密碼子具有以下基本特點(diǎn)：
1）每個(gè)密碼子三聯(lián)體(triplet)決定一種氨基酸；
2)兩種密碼子之間無任何核苷酸或其它成分加以分離，即密碼子無逗號(hào);
3)密碼子具有方向性，例如AUC是Ile的密碼子，A為5'端堿基，C為3'端堿基。因此密碼也具有方向性，即mRNA從5'端到3'端的核苷酸排列順序就決定了多肽鏈中從N端到C端的氨基酸排列順序;
4)密碼子有簡并性(degeneracy)一種氨基酸有幾個(gè)密碼子，或者幾個(gè)密碼子代表一種氨基酸的現(xiàn)象稱為密碼子的簡并性。除了Met和Trp只有一個(gè)密碼子外，其它氨基酸均有二個(gè)以上密碼子，例如Arg有6個(gè)密碼子。
5)共有64個(gè)密碼子，其中AUG不僅是Met或者fMet(在原核細(xì)胞)的密碼子，也是肽鏈合成的起始信號(hào)，故稱AUG為起始密碼子。UAA、UAG和UGA為終止密碼子，不代表任何氨基酸，也稱為無意義密碼子。
6)密碼子有通用性，即不論是病毒、原核生物還是真核生物密碼子的含義都是相同的。但真核細(xì)胞線粒體mRNA中的密碼子與胞漿中mRNA的密碼子有以下三點(diǎn)不同:一是線粒體中UGA不代表終止密碼子，而是編碼Trp;二是肽鏈內(nèi)的Mer由AUG和AUA二個(gè)密碼子編碼，起始部位的Met由AUG、AUA、AUU和AGG均為密碼;三是AGA和AGG不是Arg的密碼子，而是終止密碼子，即UAA、UAG、AGA和AGG均為終止密碼子。
密碼子結(jié)構(gòu)與氨基酸側(cè)鏈極性之間有一定關(guān)系.
1)氨基酸側(cè)鏈極性性質(zhì)在多數(shù)情況下由密碼子的第二個(gè)堿基決定。第二個(gè)堿基為嘧啶(Y)時(shí)，氨基酸側(cè)鏈為非極性，第二個(gè)堿基為嘌呤(P)時(shí)，氨基酸側(cè)鏈側(cè)有極性.
2)當(dāng)?shù)谝粋�(gè)堿基為U或A，第二個(gè)堿基為C，第三個(gè)堿基無特異性時(shí)，所決定的氨基酸側(cè)鏈為極性不帶電;
3)當(dāng)?shù)谝粋�(gè)堿基不是U，第二個(gè)堿基是G時(shí)，氨基酸側(cè)鏈則帶電。在此前提下，若第一個(gè)是C或A時(shí)，表示帶正電的氨基酸;第一、第二個(gè)堿基分別是G、A時(shí)，此種氨基酸帶負(fù)電。但上述關(guān)系也有個(gè)別例外。
