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熱循環(huán)儀特點(diǎn)--6項(xiàng)關(guān)鍵考慮因素

放大字體  縮小字體 發(fā)布日期:2023-12-15  來(lái)源:ThermoFisher Scientific
核心提示:不同型號(hào)和生產(chǎn)廠商的熱循環(huán)儀可能會(huì)展現(xiàn)出不同的性能和可重復(fù)性。 這些不同不僅會(huì)影響PCR效率也會(huì)對(duì)獲取數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性和一致性造

不同型號(hào)和生產(chǎn)廠商的熱循環(huán)儀可能會(huì)展現(xiàn)出不同的性能和可重復(fù)性。 這些不同不僅會(huì)影響PCR效率也會(huì)對(duì)獲取數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性和一致性造成影響[1-3]。 過(guò)度使用的熱循環(huán)儀的可靠性,以及當(dāng)問(wèn)題出現(xiàn)時(shí)可提供的支持,都是在進(jìn)行熱循環(huán)儀選擇時(shí)需要考慮的重要方面。 因此,了解可影響PCR結(jié)果的熱循環(huán)儀特點(diǎn)可幫助我們最大程度實(shí)現(xiàn)實(shí)驗(yàn)的成功。

1. 加熱模塊之間準(zhǔn)確而一致的溫度

熱循環(huán)儀溫度的準(zhǔn)確性可能會(huì)對(duì)PCR的成敗與否起決定性作用,因?yàn)?/span>PCR的三個(gè)主要步驟都依賴于溫度。 類(lèi)似地,加熱模塊上孔與孔之間的溫度一致性對(duì)于獲取可靠而可重復(fù)的PCR結(jié)果也是至關(guān)重要的。 因此,所使用的熱循環(huán)儀能在模塊之間準(zhǔn)確到達(dá)設(shè)定的溫度并具有一致性十分關(guān)鍵。
確保熱準(zhǔn)確性的一種方法就是經(jīng)常使用溫度驗(yàn)證試劑盒進(jìn)行檢測(cè)并根據(jù)需要由接受過(guò)培訓(xùn)的專(zhuān)業(yè)人士進(jìn)行重新校準(zhǔn)。 溫度驗(yàn)證檢測(cè)通?捎糜冢涸诘葴啬J较孪鄬(duì)于設(shè)定溫度的孔間準(zhǔn)確性、在溫度轉(zhuǎn)換后相對(duì)于設(shè)定溫度的孔間準(zhǔn)確性、熱蓋溫度的準(zhǔn)確性(可影響模塊和樣品溫度)


2. 用于引物退火優(yōu)化的精確溫度控制

梯度溫度控制是熱循環(huán)儀一項(xiàng)可有助于PCR中引物退火優(yōu)化的功能。 梯度設(shè)定的目的是在模塊之間實(shí)現(xiàn)變化的溫度,通過(guò)每列之間≥2°C的間隔溫度升降,使得可同時(shí)對(duì)于一系列的溫度進(jìn)行測(cè)試以獲取最佳的引物退火溫度。
理論上,真正的梯度可在模塊之間實(shí)現(xiàn)線性的溫度。 然而,梯度熱循環(huán)儀通常只采用單一的熱模塊并通過(guò)位于兩端的兩個(gè)加熱及冷卻元件進(jìn)行溫度的控制。 該設(shè)計(jì)經(jīng)常會(huì)導(dǎo)致以下限制[5]:
· 僅能設(shè)置兩個(gè)溫度:在熱模塊的兩端設(shè)置成引物退火的高、低極限溫度。 因此,無(wú)法在模塊間實(shí)現(xiàn)其他溫度的精準(zhǔn)設(shè)置。

· 由于不同列之間的熱交換,模塊上不同區(qū)域之間的溫度更可能遵循的是S形的曲線變化而非真正的線性梯度。
具有“better-than-gradient”技術(shù)的熱循環(huán)儀可實(shí)現(xiàn)更好的引物退火溫度控制[5]。 該技術(shù)的一種形式便是設(shè)計(jì)帶有三個(gè)或更多分割金屬模塊的熱循環(huán)儀,每一模塊都具有獨(dú)立的加熱和冷卻元件。 相比于梯度模塊,該模塊設(shè)計(jì)可帶來(lái):

· 獨(dú)立設(shè)置三種或更多不同溫度的能力,以便使得每個(gè)獨(dú)立的區(qū)域都能進(jìn)行更好的溫度控制,特別是在優(yōu)化過(guò)程中。
· 獨(dú)立金屬模塊的絕熱性阻止了模塊之間的熱交換。 這就可實(shí)現(xiàn)更為精準(zhǔn)的模塊溫度控制,確保模塊之間實(shí)現(xiàn)真正線性的溫度變化。

3. 獲得準(zhǔn)確的樣品溫度: 升降溫速度,維持時(shí)間及算法
熱循環(huán)儀對(duì)于樣品溫度控制的能力對(duì)于PCR檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確性和整體性能十分重要。 儀器特異性的參數(shù)如升降溫速度,維持時(shí)間以及算法對(duì)于預(yù)測(cè)樣品溫度(包括模塊溫度都是準(zhǔn)確控制樣品溫度的關(guān)鍵[6]。
熱循環(huán)儀的升降溫速度意味著在一定時(shí)間內(nèi)發(fā)生的PCR步驟之間的溫度變化,并通過(guò)用攝氏度每秒(°C/sec)作為單位。 相應(yīng)的“升溫”和“降溫”分別代表著熱模塊的加熱和冷卻過(guò)程。
由于熱量從模塊傳輸至樣品需要一定的時(shí)間,樣品實(shí)際的升降溫速度會(huì)較慢(相對(duì)于模塊)。 因此,對(duì)于變溫速度的定義需要進(jìn)行區(qū)分和了解。

· 最大或峰值模塊升降溫速度代表在進(jìn)行升降溫過(guò)程中非常小的一段時(shí)間內(nèi)模塊可以達(dá)到的最快溫度變化。
· 平均模塊升降溫速度代表在一段更長(zhǎng)的時(shí)間內(nèi)溫度變化的速度,對(duì)于熱循環(huán)儀的速度會(huì)提供一種更具代表性的測(cè)量。
· 最大樣品升降溫速度平均樣品升降溫速度反映的是樣品實(shí)際獲得的溫度。 因此,樣品升降溫速度會(huì)為熱循環(huán)儀的性能以及其對(duì)于PCR結(jié)果的潛在影響提供一種更為準(zhǔn)確的比較。
由于熱循環(huán)儀的升降溫速度會(huì)對(duì)PCR結(jié)果產(chǎn)生影響,當(dāng)進(jìn)行熱循環(huán)儀更換時(shí),推薦使用帶有可模擬之前模式升降溫速度程序的儀器以實(shí)現(xiàn)更為簡(jiǎn)易的更換并對(duì)PCR的重復(fù)性產(chǎn)生最小的影響。

4. 滿足不同實(shí)驗(yàn)通量的靈活性及設(shè)計(jì)
在一定時(shí)間內(nèi)可以在熱循環(huán)儀內(nèi)進(jìn)行的反應(yīng)數(shù)對(duì)于PCR實(shí)驗(yàn)的效率十分重要。 可提升熱循環(huán)儀通量的因素包括升降溫速度、熱模塊構(gòu)造以及自動(dòng)化平臺(tái)的整合。
熱循環(huán)儀的升降溫速度代表了其達(dá)到設(shè)置溫度的速度。 升降溫速度越快,PCR運(yùn)行的速度就會(huì)越快,也就是在一定時(shí)間內(nèi)可以完成更多的實(shí)驗(yàn)。 此外,使用可更快合成目標(biāo)DNA的DNA聚合酶也可對(duì)高通量實(shí)驗(yàn)進(jìn)行加速[7]。
熱循環(huán)儀模塊的設(shè)計(jì)對(duì)于PCR實(shí)驗(yàn)的設(shè)置也至關(guān)重要。 例如,可替換的模塊就可為每輪運(yùn)行帶來(lái)樣品數(shù)量上的靈活性。 此外,具有可單獨(dú)控制的多個(gè)模塊的加熱模塊是在一臺(tái)熱循環(huán)儀上同時(shí)運(yùn)行不同PCR程序的理想選擇。
對(duì)于自動(dòng)化的高通量PCR,熱循環(huán)儀應(yīng)該可編程并兼容控制移液處理系統(tǒng)的軟件。 自動(dòng)化系統(tǒng)是進(jìn)行高通量PCR反應(yīng)的理想選擇,因?yàn)槠淇梢栽趲缀鯖](méi)有人為干預(yù)的情況下持續(xù)不斷地運(yùn)行,因而將手工實(shí)驗(yàn)設(shè)置所需的時(shí)間最小化,并提高在一定時(shí)間內(nèi)可反應(yīng)的數(shù)量。 因此,對(duì)于比較簡(jiǎn)易而靈活的自動(dòng)化平臺(tái)進(jìn)行整合的需求是存在的,從而實(shí)現(xiàn)移液處理或板堆疊的完全自動(dòng)化操作。

最后,當(dāng)使用一組熱循環(huán)儀時(shí),通過(guò)云端或on-premise服務(wù)器對(duì)于儀器進(jìn)行遠(yuǎn)程控制,是相對(duì)于菊花式(“daisy chain”)有線連接更為便捷并有需求的連接方式。

5. 熱循環(huán)儀的可靠性,耐久性及質(zhì)量保證
除了性能和通量能力外,熱循環(huán)儀也應(yīng)當(dāng)能夠承受一定的重復(fù)使用、環(huán)境壓力以及運(yùn)輸條件。 一些生產(chǎn)廠商可能會(huì)對(duì)儀器如何進(jìn)行可靠性和耐久性的檢測(cè)進(jìn)行過(guò)報(bào)道[8]。 相應(yīng)的熱循環(huán)儀檢測(cè)包括:

· 組件可靠性: 機(jī)械裝備會(huì)被用于對(duì)經(jīng)常使用的儀器組件如熱蓋、控制面板/觸摸屏以及溫度循環(huán)模塊進(jìn)行重復(fù)的測(cè)試。
· 環(huán)境壓力: 可使用環(huán)境艙來(lái)模擬常規(guī)實(shí)驗(yàn)的不同條件,如溫度、濕度以及海拔(圖7B)。
· 運(yùn)輸檢測(cè): 可根據(jù)國(guó)際安全運(yùn)輸協(xié)會(huì)(ISTA)標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行激烈的沖擊和振動(dòng)檢測(cè),以確保儀器可在無(wú)受損的工作條件下運(yùn)達(dá)。

6. 維護(hù)熱循環(huán)儀的質(zhì)保和服務(wù)
盡管有嚴(yán)格的可靠性和耐久性測(cè)試,熱循環(huán)儀在儀器的使用壽命周期內(nèi)仍然不可避免地會(huì)存在技術(shù)性問(wèn)題。為了消除后顧之憂,在進(jìn)行購(gòu)買(mǎi)儀器時(shí)應(yīng)該考慮由生產(chǎn)廠商所提供的質(zhì)保、服務(wù)和維護(hù)。 需了解:

· 服務(wù)的靈活性如上門(mén)/返廠維修遠(yuǎn)程監(jiān)控服務(wù),維修過(guò)程中的替代儀器等,來(lái)最大降低對(duì)于工作效率的影響。
· 質(zhì)保期的長(zhǎng)短,服務(wù)的周轉(zhuǎn)時(shí)間,技術(shù)支持的可接觸度,以及專(zhuān)業(yè)支持人員的技能和知識(shí)。
· 儀器安裝、操作、合作、驗(yàn)證的可行性來(lái)滿足實(shí)驗(yàn)室和相關(guān)規(guī)定的要求
· 可獲取如溫度驗(yàn)證、檢測(cè)、校準(zhǔn)和清洗的維護(hù)服務(wù)以確保儀器正常發(fā)揮相應(yīng)的參數(shù)性能
總之,熱循環(huán)儀的特點(diǎn)如性能、設(shè)計(jì)、可靠性以及可獲得的支持和服務(wù),是選擇PCR儀器需要考慮的重要因素。

參考文獻(xiàn)

1. Thermo Fisher Scientific Inc. (2015) 熱循環(huán)儀溫度準(zhǔn)確性:不同型號(hào)間的比較。 (應(yīng)用資料)

2. Thermo Fisher Scientific Inc. (2015) 熱循環(huán)儀擴(kuò)增的穩(wěn)健性:不同型號(hào)間的比較。 (應(yīng)用資料)

3. Thermo Fisher Scientific Inc. (2015) 熱循環(huán)儀樣品擴(kuò)增的均一性:不同型號(hào)間的比較。 (應(yīng)用資料)

4. Kim YH, Yang I, Bae YS等。 (2008) 快速PCR循環(huán)條件下熱循環(huán)儀的性能評(píng)估。 Biotechniques 44:4. 495–505.

5. Thermo Fisher Scientific Inc. (2017) VeriFlex熱循環(huán)溫度控制技術(shù) (應(yīng)用資料)

6. Thermo Fisher Scientific Inc. (2015) 熱循環(huán)儀:熱循環(huán)關(guān)鍵概念和升降度速率。 (應(yīng)用資料)

7. Thermo Fisher Scientific Inc. (2018) 用于高通量PCR的Platinum II Taq Hot-Start DNA 聚合酶。 (應(yīng)用資料)

8. Thermo Fisher Scientific Inc. (2015) Applied Biosystems熱循環(huán)儀:可靠性及質(zhì)量檢測(cè)。 (應(yīng)用資料)


編輯:songjiajie2010

 
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