1.什么是高通量測(cè)序?
高通量測(cè)序技術(shù)(High-throughput sequencing,HTS)是對(duì)傳統(tǒng)Sanger測(cè)序(稱(chēng)為一代測(cè)序技術(shù))的改變, 一次對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條核酸分子進(jìn)行序列測(cè)定, 因此在有些文獻(xiàn)中稱(chēng)其為下一代測(cè)序技術(shù)(next generation sequencing,NGS )足見(jiàn)其劃時(shí)代的改變, 同時(shí)高通量測(cè)序使得對(duì)一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能, 所以又被稱(chēng)為深度測(cè)序(Deep sequencing)。
2.什么是Sanger法測(cè)序(一代測(cè)序)
Sanger 法測(cè)序利用一種DNA聚合酶來(lái)延伸結(jié)合在待定序列模板上的引物。直到摻入一種鏈終止核苷酸為止。每一次序列測(cè)定由一套四個(gè)單獨(dú)的反應(yīng)構(gòu)成,每個(gè)反應(yīng)含有所 有四種脫氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一種不同的雙脫氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基團(tuán),使延長(zhǎng)的寡 聚核苷酸選擇性地在G、A、T或C處終止。終止點(diǎn)由反應(yīng)中相應(yīng)的雙脫氧而定。每一種dNTPs和ddNTPs的相對(duì)濃度可以調(diào)整,使反應(yīng)得到一組長(zhǎng)幾百至 幾千堿基的鏈終止產(chǎn)物。它們具有共同的起始點(diǎn),但終止在不同的的核苷酸上,可通過(guò)高分辨率變性凝膠電泳分離大小不同的片段,凝膠處理后可用X-光膠片放射 自顯影或非同位素標(biāo)記進(jìn)行檢測(cè)。
3.什么是基因組重測(cè)序(Genome Re-sequencing)
全基因組重測(cè)序是對(duì)基因組序列已知的個(gè)體進(jìn)行基因組測(cè)序,并在個(gè)體或群體水平上進(jìn)行差異性分析的方法。隨著基因組測(cè)序成本的不斷降低,人類(lèi)疾病的致病突變研 究由外顯子區(qū)域擴(kuò)大到全基因組范圍。通過(guò)構(gòu)建不同長(zhǎng)度的插入片段文庫(kù)和短序列、雙末端測(cè)序相結(jié)合的策略進(jìn)行高通量測(cè)序,實(shí)現(xiàn)在全基因組水平上檢測(cè)疾病關(guān)聯(lián) 的常見(jiàn)、低頻、甚至是罕見(jiàn)的突變位點(diǎn),以及結(jié)構(gòu)變異等,具有重大的科研和產(chǎn)業(yè)價(jià)值。
4.什么是de novo測(cè)序
de novo測(cè)序也稱(chēng)為從頭測(cè)序:其不需要任何現(xiàn)有的序列資料就可以對(duì)某個(gè)物種進(jìn)行測(cè)序,利用生物信息學(xué)分析手段對(duì)序列進(jìn)行拼接,組裝,從而獲得該物種的基因 組圖譜。獲得一個(gè)物種的全基因組序列是加快對(duì)此物種了解的重要捷徑。隨著新一代測(cè)序技術(shù)的飛速發(fā)展,基因組測(cè)序所需的成本和時(shí)間較傳統(tǒng)技術(shù)都大大降低,大 規(guī);蚪M測(cè)序漸入佳境,基因組學(xué)研究也迎來(lái)新的發(fā)展契機(jī)和突破。利用新一代高通量、高效率測(cè)序技術(shù)以及強(qiáng)大的生物信息分析能力,可以高效、低成本 地測(cè)定并分析所有生物的基因組序列。