軟體動物瓣鰓類的貝殼為左右2瓣；腹足類的貝殼為1個，呈螺旋形；掘足類的貝殼，為上端有開口的牛角形。這些殼包裹著軟體部，起保護作用。貝殼由95％的無機鹽類（大部分是碳酸鈣，磷酸鈣只占1—2％，而碳酸鎂不足0.5％）和蛋白質(zhì)性的殼基質(zhì)構(gòu)成。貝殼的最外面覆蓋著薄的角質(zhì)層，中間是棱柱層，最內(nèi)的一層是與外套膜表面相接的珍珠層。位于外套膜邊緣之肥厚部分泌角質(zhì)層；其內(nèi)側(cè)部分分泌棱柱層：真珠層則是由外套膜整個表面所形成的。
擬軟體動物腕足類的貝殼，背腹2枚，背殼扁平，腹殼比背殼大，且呈凹形。其切面結(jié)構(gòu)與軟休動物完全不同，有無數(shù)極微細的小管垂直固著于貝殼的表面。