除廣義的粘菌和細(xì)菌外，真菌則分為擔(dān)子菌、子囊菌、接合菌和鞭毛菌等，都各成亞門(mén)。鞭毛菌類(lèi)是生殖細(xì)胞有鞭毛的一類(lèi)真菌，作為這一類(lèi)菌的統(tǒng)稱(chēng)，此名是很適宜的，但它們的鞭毛的遺傳特性卻各式各樣，因此也很難于系統(tǒng)地歸納。一般被劃為這樣的幾個(gè)獨(dú)立類(lèi)群，即壺菌、絲壺菌類(lèi)和卵菌類(lèi)。此外，有時(shí)也把根腫菌綱也包括在鞭毛菌中，但一般認(rèn)為它屬于粘菌類(lèi)，另也有人把它作為一個(gè)獨(dú)立的類(lèi)群。