一、資料收集整理階段。本階段需要查找某個(gè)項(xiàng)目專(zhuān)題的文章,并寫(xiě)出對(duì)該專(zhuān)題的綜述,以便對(duì)自己所要做的課題的現(xiàn)狀有一個(gè)基本的了解。
推薦軟件：Reference Manager 9.0
同類(lèi)參考軟件：Endnote 3.1.2
二、序列分析、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)模擬階段。
1.綜合性軟件。
這類(lèi)軟件要求對(duì)本階段上述的大部分功能均具備，而且這類(lèi)軟件在一些專(zhuān)項(xiàng)分析上仍有絕對(duì)優(yōu)勢(shì)。
推薦軟件：DNASTAR 4.03
同類(lèi)參考軟件：Vector NTI Suite 6.0,Omiga 2.0、DNASIS 2.5,DNATools 5.1
2.制酶分析。
可能是最簡(jiǎn)單的功能了，用普通的文本搜索也能找出相應(yīng)的序列位點(diǎn)。正因如此，我們希望軟件在結(jié)果輸出上有更完美的表現(xiàn)。另外幾乎所有的軟件都沒(méi)有考慮在酶切位點(diǎn)前應(yīng)該有保護(hù)堿基，所以該分析通過(guò)，并不能在實(shí)驗(yàn)中總能通過(guò)。
推薦軟件：DNAssist 1.0
同類(lèi)參考軟件：Primer Premier 5.0,Vector NTI Suite 6.0和其他多種軟件
3.引物設(shè)計(jì)。
引物設(shè)計(jì)一般包括用于檢測(cè)和用于進(jìn)一步分子操作的引物。其中用于分子操作的在原來(lái)序列上設(shè)計(jì)，加上接頭和保護(hù)堿基。但幾乎所有軟件都沒(méi)有考慮接頭和保護(hù)堿基的設(shè)計(jì)。因此能否對(duì)假定的引物進(jìn)行各種屬性的分析，參考各種結(jié)果，最后找到合適的引物序列便成為選擇軟件的最關(guān)鍵。
推薦軟件：Primer3
同類(lèi)參考軟件：Primer Premier 5.0,Vector NTI Suite 6.0,DNAClub,Oligo 5.0
4.序列比對(duì)。
序列比對(duì)包括部分完全相同序列查找和序列相似性排列兩類(lèi)。與限制酶分析相似，由于這類(lèi)軟件的算法沒(méi)有多大變化，內(nèi)核大都是相同的，所以其結(jié)果輸出和易用性也成了更重要的標(biāo)準(zhǔn)。
推薦軟件: GeneDoc 3.2，MagAlign 4.03（Lasergene Suite）
同類(lèi)參考軟件：Vector NTI Suite 6.0等
5.質(zhì)粒作圖。
這也是最常用的序列顯示功能。我們要求軟件能對(duì)已知序列自動(dòng)作圖，對(duì)未知序列但關(guān)鍵部位位置清楚的質(zhì)粒也能作圖。主要是標(biāo)示各種酶切位點(diǎn)、基因序列、特定結(jié)構(gòu)域序列。
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0
參考軟件：Winplas 2.6 pDRAW32 1.0.33等
6.結(jié)構(gòu)域（motif）查找。
與限制酶的分析相似，這也是一個(gè)文本查找的內(nèi)容，關(guān)鍵在于以何種方式顯示查詢(xún)結(jié)果。
推薦軟件：Primer Premier 5.0
7.序列查找下載工具。
推薦軟件：Vector NTI Suite 6.0: PubMed-Entrez Searching
參考軟件：Network Entrez
8.RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)及分析。
似乎人們?cè)诙?jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方面沒(méi)有什么明確的模型。因此，對(duì)這類(lèi)軟件只能以參考參考的心態(tài)來(lái)使用了，不能報(bào)任何希望。
推薦軟件：RNAdraw 1.1b2
參考軟件：RNAStructure 3.5
9.蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)分析。
不要指望軟件能給你帶來(lái)一個(gè)有三維結(jié)構(gòu)的蛋白，所謂的分析只能給你一個(gè)蛋白某些片段有形成什么結(jié)構(gòu)的趨向。結(jié)果判定還是要靠人本身。
推薦軟件：Vector NTI Suite 6.0 ：Bioplot
參考軟件：Antheprot 4.5
10.克隆策略圖譜。
幾乎所有人都用手工或用繪圖軟件來(lái)畫(huà)出整個(gè)克隆過(guò)程，各種位點(diǎn)只能大概估計(jì)，與核酸的序列之間的關(guān)系當(dāng)然無(wú)從談起�，F(xiàn)在終于有可以解決問(wèn)題的軟件登陸了。
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0
11.三維結(jié)構(gòu)顯示。
用各種方法計(jì)算出來(lái)的各種三維結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)只有在相關(guān)軟件幫助的情況下，才能顯示出其本來(lái)面目，使得我們對(duì)這些分子的結(jié)構(gòu)有一個(gè)直觀的體會(huì)。
推薦軟件：RasMol 2.7.1
參考軟件：ICMlite 1.0 Cn3D
12.翻譯/ORF Finding
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0
參考軟件：Primer Premier 5.0，Vector NTI Suite 6.0
13.格式轉(zhuǎn)換。
各種軟件為了自己軟件的需要有不同的格式，對(duì)我們使用數(shù)據(jù)帶來(lái)了困難。格式轉(zhuǎn)換軟件可以將不同格式數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換以方便使用。
推薦軟件：Seqverter 1.3
參考軟件：Visual Sequence Editor 1.1， Genestudio
三、實(shí)驗(yàn)操作和數(shù)據(jù)分析階段
??本階段由于各實(shí)驗(yàn)室的設(shè)備和方法的不同差異太大，如若用到軟件，請(qǐng)參考機(jī)器配備之軟件。但也有一些共同的要求和使用的軟件。
1.單向電泳條帶定量分析。
推薦軟件：BandScan 4.50
參考軟件：band leader 3.0
2.據(jù)統(tǒng)計(jì)分析作圖�？赡茉谀承┣闆r下需要用到這類(lèi)軟件。由于專(zhuān)業(yè)的統(tǒng)計(jì)軟件也很多，比較出色。我們只推薦一個(gè)比較適合生物的軟件SigmaPlot 2000。
3.序列拼裝。這是多基因方面用得比較多的程序，在單基因的研究中有時(shí)也會(huì)用到。
推薦軟件：SeqMan 4.03 （Lasergene Suite）
參考軟件：Vector NTI Suite 6.0
四、文章寫(xiě)作和結(jié)果發(fā)表
??本階段主要是對(duì)所獲得的結(jié)果整理，并發(fā)表在合適的地方。
1.文獻(xiàn)引用。
推薦軟件：EndNote 5.0
參考軟件：Reference Manager 9.0
2.生成出版質(zhì)量的圖片。發(fā)表時(shí)，對(duì)用到的分子結(jié)構(gòu)的圖片質(zhì)量要求較高，直接從RasMol等軟件中截取的圖片質(zhì)量不夠精美。
推薦軟件：Pov-Ray for Windows 3.1
參考軟件：molmol 2.5.1,mole 1.1.8
3.序列遞交。結(jié)果中有新的序列需要遞交到各大數(shù)據(jù)庫(kù)中必須符合各數(shù)據(jù)庫(kù)的要求。除了下面推薦的軟件外，也可以通過(guò)寫(xiě)好一種格式后，用格式轉(zhuǎn)換軟件轉(zhuǎn)換為其他種類(lèi)格式，以向不同的數(shù)據(jù)庫(kù)遞交序列。
