化肥、農(nóng)藥本來是農(nóng)業(yè)的科技進步，但是農(nóng)業(yè)卻走向濫用化肥、農(nóng)藥的極端，污染了環(huán)境，破壞了生態(tài)。生態(tài)學(xué)家為了保護生態(tài)而指導(dǎo)農(nóng)業(yè)，提出“生態(tài)農(nóng)業(yè)”的模式。“生態(tài)農(nóng)業(yè)”就是保護生態(tài)的農(nóng)業(yè)。只要不影響生態(tài)，合理施化肥以提高產(chǎn)量，合理使用高效低毒的農(nóng)藥控制害蟲暴發(fā)，都是允許的。但是，許多生態(tài)學(xué)家主導(dǎo)的生態(tài)農(nóng)業(yè)往往走向了另一個極端，聲稱不施化肥、不打農(nóng)藥、不使用任何化學(xué)合成的物質(zhì)，以確保生態(tài)。這其實是有機農(nóng)業(yè)，是把生態(tài)農(nóng)業(yè)與有機農(nóng)業(yè)混為一談。我國對有機農(nóng)業(yè)也是倡導(dǎo)的。
蔣高明也把生態(tài)農(nóng)業(yè)和有機農(nóng)業(yè)混為一談，他認為只有生態(tài)農(nóng)業(yè)才能解決中國的農(nóng)業(yè)問題。有兩篇文章，可以視為他的代表作。
一篇是《未來的生態(tài)農(nóng)莊》。他說：化肥、農(nóng)藥、除草劑、塑料薄膜、飼料添加劑、轉(zhuǎn)基因是農(nóng)業(yè)的“六大要素”，也是“六大害”，不僅污染環(huán)境，也奪走了農(nóng)民的利潤；如果搞生態(tài)農(nóng)業(yè)，省卻購買這“六大害”的錢，農(nóng)民的利潤就可增加6倍。如此算賬，不能讓人信服。
第二篇是《和諧型有機農(nóng)業(yè)大有可為》。說的是：北京順義區(qū)綠牛農(nóng)莊占地80畝，實行有機種植、有機養(yǎng)殖，供應(yīng)城市里的高消費；所產(chǎn)有機蔬菜銷售實行會員制，會員17個，都是白領(lǐng)和老外，每個會員一年會費1.6萬元；還開了個有機西餐廳，價格不菲；由此，農(nóng)莊每年可賺幾十萬元。蔣高明據(jù)此設(shè)想：我國年產(chǎn)7億噸秸稈，如果充分利用起來，可以生產(chǎn)5400萬噸有機牛肉供應(yīng)城市；我國有60億畝草原，雞可以在草原散養(yǎng)，1畝草原上的草籽、草葉、昆蟲能夠滿足1只雞的生存，可以年產(chǎn)60億只有機雞供應(yīng)城市；肉糧折算，等于全國糧食在現(xiàn)有基礎(chǔ)上提高37%，沒有任何一項農(nóng)業(yè)技術(shù)能夠達到如此高的增產(chǎn)效果。
蔣高明就是這樣以“紙上談兵”的方式，用生態(tài)農(nóng)業(yè)解決了中國的農(nóng)業(yè)問題，而轉(zhuǎn)基因本身有那么多問題，所以他反對轉(zhuǎn)基因。
蔣高明有一篇《轉(zhuǎn)基因棉退化說明了什么》，從中可以看出他認為的“轉(zhuǎn)基因本身有那么多問題”其實是他對農(nóng)業(yè)和轉(zhuǎn)基因的無知。文章說的是：江蘇省大豐市種植轉(zhuǎn)基因棉花的頭幾年，農(nóng)藥使用量下降，種植成本下降，畝產(chǎn)量上升，媒體和農(nóng)學(xué)家盛贊轉(zhuǎn)基因的好處�？墒牵镁安婚L，到了第5年，控制了棉鈴蟲，其他“小害蟲”卻集中大暴發(fā)，用藥量反而猛增，棉花纖維質(zhì)量也下降，皮棉占籽棉的比率也下降。對此，蔣高明解釋為：轉(zhuǎn)入的基因干擾了棉花正常的生長發(fā)育。
對此，任何一個農(nóng)藝師都會否定蔣高明的解釋而做出如下解釋：
1.棉鈴蟲是棉花的主要害蟲，轉(zhuǎn)入的基因就是抗棉鈴蟲的基因，這個基因產(chǎn)生一種蛋白質(zhì)，分布在蕾、花、鈴、葉內(nèi)，棉鈴蟲吃了就會被毒死，卻對其他害蟲無毒。所以，轉(zhuǎn)基因抗蟲棉只可以省卻防治棉鈴蟲的農(nóng)藥，不可以省卻防治別的害蟲的藥。棉農(nóng)以為轉(zhuǎn)基因抗蟲棉抗一切害蟲，便不再打藥，或打藥很少，一年復(fù)一年，“小害蟲”越積累越多，于是便有“控制了棉鈴蟲，其他‘小害蟲’卻集中大暴發(fā)，用藥量反而猛增”的情況。
2.基因決定性狀，轉(zhuǎn)入的抗棉鈴蟲的基因與棉花纖維質(zhì)量、皮棉占籽棉的比率沒有任何關(guān)系。皮棉、纖維退化是正常的退化，常規(guī)棉花也會發(fā)生這種退化，原因在于棉花的天然異花授粉率在5%以上，所以容易退化，而小麥的天然異花授粉率在1%以下，所以不容易退化。所以小麥可以留種，而棉花不可以留種，必須年年提純復(fù)壯，年年換種，否則就退化，不僅皮棉、纖維會退化，轉(zhuǎn)基因也會退化，一切性狀都會退化。
3.如果像蔣高明解釋的那樣，是“轉(zhuǎn)入的基因干擾了棉花正常的生長發(fā)育”，那么頭幾年棉花纖維質(zhì)量以及皮棉占籽棉的比率為什么不下降呢？
4.轉(zhuǎn)基因抗蟲棉不是一個獨立的品種，是給現(xiàn)有的棉花品種轉(zhuǎn)入抗蟲的基因，全國約有幾十個棉花品種被轉(zhuǎn)入了抗蟲基因，這幾十個品種分布在全國各地，它們的抗蟲性狀以及各種性狀是有差別的，某地好一些，某地差一些，很正常。但是全國轉(zhuǎn)基因抗蟲棉一直保持在幾千萬畝，這說明它在總體上是優(yōu)越的。
蔣高明不懂農(nóng)業(yè)，不懂轉(zhuǎn)基因，卻批判轉(zhuǎn)基因，也被主流報紙和網(wǎng)民批判，他以《我對轉(zhuǎn)基因的真實態(tài)度》回應(yīng)：
第一，轉(zhuǎn)基因技術(shù)一定要研究，如果應(yīng)用，則需要時間來檢驗。
第二，糧食問題的真正原因，不是種子不爭氣，而是農(nóng)民不愿意種地，另外，耕地質(zhì)量因為長期使用化肥、農(nóng)藥、除草劑、地膜，出現(xiàn)了地力嚴重下降。
第三，轉(zhuǎn)基因只能抗一種害蟲，防治其他害蟲依然要使用農(nóng)藥，而且長期種植轉(zhuǎn)基因作物會引起生態(tài)環(huán)境的變化。
第四，用生態(tài)學(xué)的辦法恢復(fù)生態(tài)平衡，不打農(nóng)藥，就可控制害蟲，實現(xiàn)低產(chǎn)田向高產(chǎn)田轉(zhuǎn)變。
這是他重申“用生態(tài)農(nóng)業(yè)解決中國農(nóng)業(yè)問題”的觀點，而他的觀點產(chǎn)生于他的僅僅20畝的生態(tài)農(nóng)業(yè)試驗田，卻要指導(dǎo)18億畝耕地。
實際上，生態(tài)農(nóng)業(yè)或有機農(nóng)業(yè)的有機農(nóng)產(chǎn)品一般產(chǎn)量較低，價格較高，市場較小，可滿足崇尚有機且收入較高的小眾群體的需要。全世界平均，有機農(nóng)業(yè)約占1%的耕地，卻占10%的銷售額。要解決13億人吃飯問題，要解決70億人吃飯問題，還是離不了化學(xué)農(nóng)業(yè)，當(dāng)然，化學(xué)農(nóng)業(yè)也需要生態(tài)農(nóng)業(yè)來修復(fù)。
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