從農(nóng)業(yè)和農(nóng)村經(jīng)濟進入新階段以后的重大變化來看，新階段仍面臨多方面的挑戰(zhàn)：
——糧食綜合生產(chǎn)能力不強。農(nóng)業(yè)基礎(chǔ)還較為薄弱，水利等農(nóng)業(yè)基礎(chǔ)設(shè)施發(fā)展滯后，耕地質(zhì)量不高，中低產(chǎn)田面積占耕地面積約 2/3。
——農(nóng)業(yè)的綜合效益不高。農(nóng)業(yè)生產(chǎn)方式大多仍然是小規(guī)模經(jīng)營，集約化、規(guī)�；�、產(chǎn)業(yè)化程度偏低。農(nóng)業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整進展也不平衡。
——農(nóng)產(chǎn)品國際市場競爭力還比較薄弱。農(nóng)產(chǎn)品加工的深度、水平還有待于盡快提升；農(nóng)產(chǎn)品的標準、技術(shù)、管理、等方面與國際相關(guān)行業(yè)接軌的程度還不夠緊密，要進一步在國際市場上樹立中國農(nóng)產(chǎn)品及其加工品的精品和名牌形象，促進我國農(nóng)產(chǎn)品的出口創(chuàng)匯。
——農(nóng)民收入增長乏力。 1996年以來，農(nóng)民純收入的增長幅度逐年下降，城鄉(xiāng)居民收入的差距增大，1984年城鄉(xiāng)居民人均純收入比例為1.7：1，2003年該比值擴大為3.24：1。
——科技支撐能力不強。農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的規(guī)模化、專業(yè)化和多樣化對科技提出了更高的要求，大幅度提高農(nóng)業(yè)勞動生產(chǎn)率需要通過先進適用技術(shù)的廣泛應(yīng)用，而目前我國科技進步率只有 45%左右。
——資源與環(huán)境問題依然嚴峻。我國耕地面積繼續(xù)減少， 2003年由于建設(shè)用地、結(jié)構(gòu)調(diào)整、災(zāi)害毀壞以及生態(tài)退耕等，凈減少耕地253.7萬公頃。水資源供求關(guān)系依然緊張，2003年人均水資源2076立方米，全年總用水量5410億立方米，分別比上年下降5.6%、3.0%和1.5%。生態(tài)環(huán)境建設(shè)力度加大，逐步有所好轉(zhuǎn)，但水土流失、草地退化、土壤沙化等整體仍未遏制，應(yīng)該引起嚴重關(guān)注。
——食品安全受到威脅。
——農(nóng)民組織化程度偏低。全國實行生產(chǎn)、加工、銷售一體化經(jīng)營的龍頭企業(yè)和農(nóng)民合作經(jīng)濟組織雖然有了一定的發(fā)展，據(jù)有關(guān)統(tǒng)計，全國農(nóng)民合作經(jīng)濟組織等帶動的農(nóng)戶只有 1/4左右，仍有約1.7億農(nóng)戶需要組織和聯(lián)合起來。