危害描述是確定作用位點、作用機制和劑量-反應關系（發(fā)生反應的比例或者反應的嚴重程度）的過程。在此過程中，很可能要建立一系列模型，包括用純數(shù)學表達的到以生物學原理為基礎表達的模型。結果，每種模型都在不同程度上反映人的實際疾病過程，并具有不同程度的不確定性。
模型不確定性在危害描述步驟中有重要意義。用數(shù)學方式的劑量-反應關系在代表實際生物學過程方面具有很大的不確定性。盡管公認劑量-反應模型本身有很大的不確定性，但它是當今預測對人體健康產(chǎn)生不良作用的最常用方法，并且在制定政策中也是行之有效的。由于對風險評估的興趣不斷增長，對模型的作用，包括它們代表生物學過程的準確度和完整性的要求也更高了。
危害描述中變異性和不確定性的一個重要問題是在所研究的種屬中，在所設定的劑量水平下，所得到的劑量-反應的差異。為了提高力度和陰性反應的價值，在動物試驗中典型做法是用大劑量。通常，這些攝入量遠遠大于一般情況下的人體攝入水平。對于人體風險評估而言，在高攝入量時收集到的攝入-反應資料模型運用于低攝入量水平時可能會不大準確。另外，盡管絕大多數(shù)試驗動物是純系的，具有一致的遺傳特性，但是動物個體間對相同劑量的仍有差異。如果非純系動物，則會產(chǎn)生更大的差異。
危害描述中所產(chǎn)生變異性和不確定性的另一個問題是需要在不同種屬間外推。種屬間外推導致外推模型的不確定性和外推中所用參數(shù)間的變異性。