真核生物的基因組相當于基因的一股由只有一個復制DNA序列(也稱單一DNA,unique sequence,single copy seqence,nonrepetitive sequence等)和具有多數(shù)反復存在的DNA順序組成。稱后者為重復順序。組成基因組的DNA順序,根據(jù)其重復的頻度可分為三類。一是基因組只有一個復制順序的單一DNA,二為高度重復順序(highly repetitivesequence),由較短的順序105—107次直線連結(jié)而成,其中含隨體DNA等。第三為中等程度的重復順序(moderately repetitive sequence),為有300—500個核苷對的大致相同的順序——例如在將哺乳類的DNA用限制酶AluI(AG↓CT)切斷時所產(chǎn)主的主要片斷中所見到的高頻率(105)的順序(AluIfamily)——與單一DNA一起分散存在的,以及像核糖體RNA基因或組蛋白基因群那樣的多次成直線相連存在的(多基因群)都包含在這一類中。此外有在反方向上重復的順序(inverted repetitive seq-uence),其變性DNA折疊成發(fā)夾結(jié)構(gòu)(hairpinstructure,foldback structure,snapback stru-cture),在編碼分析中可迅速再結(jié)合的類型。