霉菌不是一個(gè)分類(lèi)學(xué)上的名詞，而是一些絲狀真菌的通稱(chēng)。在分類(lèi)學(xué)上，霉菌分屬于藻狀菌綱、子囊菌綱和半知菌綱。
霉菌菌體均由分枝或不分枝的菌絲構(gòu)成，構(gòu)成1個(gè)菌體的全部菌絲稱(chēng)為菌絲體。菌絲是纖細(xì)的管狀體，直徑約2～10微米。有些霉菌的菌絲無(wú)隔膜，為多核細(xì)胞，如根霉（Rhizophus）、毛霉（Mucor）等。大多數(shù)霉菌的菌絲有隔膜，隔膜將菌絲隔成多細(xì)胞結(jié)構(gòu)。
霉菌的菌絲有一定程度的分化，部分菌絲長(zhǎng)入培養(yǎng)基內(nèi)稱(chēng)為營(yíng)養(yǎng)菌絲，伸出培養(yǎng)基外的稱(chēng)為氣生菌絲，由于氣生菌絲上常產(chǎn)生孢子，又稱(chēng)繁殖菌絲。有的菌絲產(chǎn)生色素，呈現(xiàn)不同顏色。
大部分霉菌的細(xì)胞壁由幾丁質(zhì)組成，幾丁質(zhì)為N-乙酰葡萄糖胺憑借由β-1，4葡萄糖苷鍵聯(lián)接的多聚體。霉菌的細(xì)胞核具核膜，因此其細(xì)胞為真核細(xì)胞。
霉菌的菌落由分枝狀菌絲組成。由于菌絲較粗而長(zhǎng)，形成的菌落比較疏松，呈絨毛狀、絮狀或蜘蛛網(wǎng)狀，一般比細(xì)菌菌落大幾倍到幾十倍。由于霉菌的孢子具有不同形狀、結(jié)構(gòu)和顏色，因而使得菌落表面呈現(xiàn)出肉眼可見(jiàn)的不同結(jié)構(gòu)和色澤。