以鞭毛為運(yùn)動(dòng)胞器的原生動(dòng)物。如眼蟲(chóng)、夜光蟲(chóng)、錐蟲(chóng)、利什曼原蟲(chóng)等。
多數(shù)種類表膜堅(jiān)韌，能維持一定體形。以鞭毛運(yùn)動(dòng)，鞭毛一到多根，一般自體前端發(fā)出。
營(yíng)養(yǎng)方式有3種：
①自養(yǎng)性營(yíng)養(yǎng)(或稱植物性營(yíng)養(yǎng))，即體內(nèi)有色素體，能行光合作用自己制造養(yǎng)料，如衣滴蟲(chóng)；
②腐生性營(yíng)養(yǎng)，體內(nèi)無(wú)色素體，借體表滲透作用攝取周?chē)h(huán)境中呈溶解狀態(tài)的有機(jī)物，如錐蟲(chóng)；
③動(dòng)物性營(yíng)養(yǎng)，以胞口等攝取或吞噬外界固體食物，如變形蟲(chóng)、草履蟲(chóng)等。另外，如綠眼蟲(chóng)等，尚有混合性營(yíng)養(yǎng)方式，即在有光條件下，可行光合作用，自制養(yǎng)料；在無(wú)光條件下則進(jìn)行腐生性營(yíng)養(yǎng)。無(wú)性生殖的一般為縱二分裂，也有出芽生殖的；有性生殖則為同配或異配生殖。分布極廣，自由生活于淡水、海洋和潮濕的土壤中，少數(shù)營(yíng)寄生生活，有些是人畜的病原體，如錐蟲(chóng)、利什曼原蟲(chóng)、毛滴蟲(chóng)等。
約有2000余種，分2亞綱。
植鞭亞綱(Phytomastigina)、通常有色素體，能行光合作用。大都營(yíng)自由生活，有些種類在水系食物鏈中起著重要作用。如衣滴蟲(chóng)(Chlanydomonas)、盤(pán)藻(Gonium)等，蛋白質(zhì)含量豐富(占干物質(zhì)的36-40%)，成為浮游生物的組成部分，是甲殼類和魚(yú)類的自然餌料。其它如夜光蟲(chóng)(Noctiluca)、溝腰鞭蟲(chóng)(Gonyaulax)、裸甲腰鞭蟲(chóng)(Gymnodinium)等大量繁殖時(shí)，可引起海水的赤潮現(xiàn)象，能毒死大量魚(yú)類和甲殼動(dòng)物；有的毒素還可儲(chǔ)存在甲殼動(dòng)物體內(nèi)，人和其他動(dòng)物誤食后可引起中毒。淡水生長(zhǎng)的鐘罩蟲(chóng)(Dinobryon)、合尾滴蟲(chóng)(Synura)等可污染水源，使水質(zhì)變臭、變腥。但綠眼蟲(chóng)(Englena viridis)等則可被利用作為有機(jī)物污染環(huán)境的指示生物。
動(dòng)鞭亞綱(Zoomastigina)體內(nèi)無(wú)色素體存在，體表也無(wú)堅(jiān)韌的表膜。自由生活或寄生，而且有不少寄生的種類為害人類和經(jīng)濟(jì)動(dòng)物。
錐蟲(chóng)(Trypanosoma)，屬動(dòng)體目(Kinetoplastina)。約400余種，多數(shù)寄生在脊椎動(dòng)物的血液或組織液中。如流行于非洲的岡比錐蟲(chóng)(T.gambiense)，寄生于人的脊髓液中，引起睡眠��；伊氏錐蟲(chóng)(T.evansi)，寄生于牛馬的血液中引起蘇拉病，主要流行于南方各��；馬媾疫錐蟲(chóng)(T.equiperdum)，由馬媾時(shí)相互感染，被寄生的馬、驢生殖器官常有水腫或潰爛，除中國(guó)西北地區(qū)流行外，亦見(jiàn)于世界各地。
利什曼原蟲(chóng)(Leishmania)，細(xì)胞內(nèi)寄生，生活史中有無(wú)脊椎動(dòng)物和脊椎動(dòng)物2個(gè)宿主。寄生人體的有3種，中國(guó)僅有杜氏利什曼原蟲(chóng)(L.donovani)一種，借吸血昆蟲(chóng)中華白蛉(Phlebotomus chinensis)傳播釀致黑熱病。
寄生魚(yú)類的鞭毛蟲(chóng)，常見(jiàn)的有兩種：
①漂游口絲蟲(chóng)(Costia necatrix)：體呈梨形；有鞭毛4條，兩長(zhǎng)兩短；寄生于淡水魚(yú)的鰓及皮膚，對(duì)魚(yú)苗、幼魚(yú)危害最大。
②鰓隱鞭毛蟲(chóng)(Cryptobia brachialis)；體呈柳葉狀；有鞭毛二條，一條游離，另一條自前向后，以波動(dòng)膜與體表相連；寄生于鯇等的鰓瓣，妨礙呼吸，致使魚(yú)類死亡。
